非淋性尿道炎的潜伏期为1～3周，平均2周左右。由于病情发展缓慢，症状不典型，约有一半的病人在初次就诊时被漏诊。其典型的临床症状为：尿道刺痒，伴有轻重不等的尿急、尿频、尿痛与排尿困难，尿道外口稍红肿，有少许稀薄的粘液性分泌物，量少，有时需挤压前尿道时才能发现少许分泌物。

男性患者表现尿痛，排尿困难，晨起由尿道内流出少量稀薄白色粘液，用手挤压尿道才以溢出。