尖锐湿疣的治疗方法很多，包括局部药物治疗（足叶草毒素酊，酞丁胺霜剂，氟尿嘧啶，咪喹莫特），物理疗法（CO，激光治疗，光动力治疗，液氮冷冻），手术治疗（浅表剪除、切除、刮除或电外科），全身疗法（干扰素、IL一2和抗病毒药物），免疫治疗（自体活菌疫苗免疫疗法，干扰素，HPV疫苗），中药治疗等。方法虽然很多，不过没有一种能保证百分百治愈。治疗同时，注意患者是否同时有淋球菌、衣原体、支原体、滴虫、霉菌等病原体感染，如有应同时治疗。患者配偶与性伴若有尖锐湿疣或其他性病，应同时治疗。治疗期间避免性生活。
