通过化验孕妇宫颈、阴道分泌物、尿液寻找病毒虽然简单、快速，但准确度不高。如果从血、尿、唾液、乳汁中培养出病毒，就可以确诊，但阳性率较低。

目前多采用检查特异性抗体的办法确诊。患者在感染后的三~五天左右出现特异性抗体——巨细胞病毒—IgM，此抗体出现早消失也早，一直会持续十二~十六周，它表示是孕妇是近期发生的感染。如果怀孕早期出现特异性IgM抗体则表示是初次感染，如果只有IgG抗体则表示曾经感染过病毒。IgG抗体阳性的孕妇在孕中、晚期再出现IgM抗体则表示出现复发性感染。