人体的胃和肠黏膜本身没有痛觉神经，胃镜让人难受是吞管子和打空气入胃时，胃胀诱发恶心呕吐的反射，以及胃镜管摩擦咽喉而产生的疼痛感。胃镜一般需要不到10分钟的时间。肠镜需要15至20分钟。
害怕做胃镜只是一种心理作用，是部分敏感人的感受。只要彻底放松，坚持做深呼吸，与医生很好配合，连几岁的小孩都能顺利完成。
现在，医院使用电子胃镜．插管变细、图像清晰，一些大医院内镜室环境幽雅、背景音乐悠扬，加上术前用一些止吐解痉挛及局部麻醉药物，胃镜检查不仅容易了，效果也更好了。