腹泻是症状，根本治疗要针对病因。认识腹泻的发病机理有助于掌握治疗原则。
（一）病因治疗 不言而喻，肠道感染引起的腹泻必需抗感染治疗，以针对病原体的抗菌治疗最为理想。复方新诺明、氟哌酸（诺氟沙星）、环丙氟哌酸（环丙沙星）、氟嗪酸（氧氟沙星）对菌痢，沙门菌或产毒性大肠杆菌，螺杆菌感染有效，甲硝唑对溶组织阿米巴、梨形鞭毛虫感染有效，因此，这数种药物常用于急性感染性腹泻，包括预防和治疗所谓旅行者腹泻。治疗乳糖不耐受症和麦胶性乳糜泻所致的腹泻在饮食中分别剔除乳糖或麦胶类成发。高渗性腹泻的的治疗原则是停食或停用造成高渗的食物或药物。分泌性腹泻易致严重脱水和电解质丢失，除消除病因，还应积极由口服和静脉补充盐类和葡萄糖溶液，纠正脱水。胆盐重吸收障碍引起的结肠腹泻可用消胆胺吸附胆汁酸而止泻。治疗胆汁酸缺乏所致的脂肪泻，可用中链脂肪代替日常食用的长链脂肪，因前者不需经结合胆盐水解和微胶粒形成等过程而直接经门静脉系统吸收。
（二）对症治疗 选择药物时，应避免成瘾性药物，必要时也只能短暂使用。病因治疗是主要的，凡病因不明者，尽管经对症治疗后症状已有好转，绝不可放松或取消应有的检查步骤，对尚未排除恶性疾病的病例尤其如此。
1.止泻药 常用的有活性炭、鞣酸蛋白、次碳酸铋、氢氧化铝凝胶等，日服3～4次。药效较强的复方樟脑酊（3～5ml）和可待因（0.03g），每日2～3次。因久用可成瘾，故只短期适用于腹泻过频的病倒。复方苯乙哌酊（每片含苯乙哌啶2.5mg和阿托品0.025mg），每次1～2片，2～4/d，此药有加强中枢抑制的作用，不宜与巴比妥类、阿片类药物合用。氯苯哌酰胺（咯派丁胺，loperamide）的药效较复方苯乙哌啶更强且持久，不含阿托品，较少中枢反应。初服4mg，以后调整剂量至大便次数减至1～2次/d，日量不宜超过8mg。培菲康可调节肠道功能。
2.解痉止痛剂 可选用阿托品、普鲁本辛、山莨菪碱、普鲁卡因等药。
3.镇静药 可选用安定、利眠宁、苯巴比妥类药物。
4.调节肠道植物神经紊乱药 可选解郁抗虑胶囊等药物。