基孔肯雅热诊断需排除登革热、疟疾、风湿热、莱姆病、恙虫病等。
1. 登革热：登革热与基孔肯雅热均由蚊虫传播，临床症状有相似之处，都可能出现发热、皮疹、关节疼痛等表现。但登革热的疼痛多为头痛、眼眶痛、肌肉和骨关节剧烈酸痛，且部分患者会有出血倾向，如鼻出血、牙龈出血等，而基孔肯雅热以关节疼痛更为突出，尤其是小关节，通过病毒核酸检测、血清学检测等可鉴别。
2. 疟疾：疟疾同样经蚊虫叮咬传播，发作时也有发热症状，热型多不规则，还伴有寒战、大汗等。不过疟疾患者血涂片可找到疟原虫，这是与基孔肯雅热鉴别的关键，基孔肯雅热患者血涂片无疟原虫，且疟疾一般无明显关节症状。
3. 风湿热：风湿热是一种与A组乙型溶血性链球菌感染有关的全身性结缔组织的非化脓性疾病，常有关节炎表现，多侵犯大关节，呈游走性疼痛，可伴有心脏炎、环形红斑等。与基孔肯雅热不同的是，风湿热发病前常有链球菌感染史，实验室检查抗O等指标可升高，而基孔肯雅热有明确的蚊虫叮咬史及相关病毒感染证据。
4. 莱姆病：莱姆病是由伯氏疏螺旋体引起的自然疫源性疾病，通过蜱虫传播，早期可出现游走性红斑，随后可有关节、心脏、神经等多系统损害。与基孔肯雅热相比，莱姆病的关节症状多累及大关节，且有蜱虫叮咬史及相应的病原体检测结果可资鉴别。
5. 恙虫病：恙虫病由恙虫病东方体引起，通过恙螨幼虫叮咬传播，有发热、焦痂或溃疡、淋巴结肿大等表现。与基孔肯雅热不同，恙虫病患者有野外活动被恙螨叮咬史，焦痂或溃疡是其特征性表现，血清学检查可发现特异性抗体，而基孔肯雅热无此特征。
在日常生活中，若出现发热、关节疼痛等症状，应及时就医。就医时详细告知医生近期的活动轨迹、是否有蚊虫叮咬史等信息，以便医生准确判断病情。同时，做好防蚊灭蚊措施，如使用蚊帐、驱蚊剂等，可降低感染相关疾病的风险。若被诊断为基孔肯雅热或其他疾病，需严格遵医嘱进行治疗和康复。
