紧急:如何准确推算怀孕时间?害怕是宫外孕.

健康咨询描述： 本人去医院检查.发现怀孕了.说怀孕的天数是40多天.以下是我和男友最近两次性交时间10月24日,11月20日.两次性交都有戴安全套.并未出现安全套脱落.三次最近月经时间.9月28日,10月26日,11月2日;
由于9月份的月经时间是9月28日,而在10月24日性交之后,10月26日出现少量阴道血液流出.颜色正常.量不多.持续3天.所以当时停止一段时间性交.接着11月2日又来了月经,月经的量适中,颜色正常.到了11月20日恢复性交.并戴了安全套.接着11月份到12月初都没来月经.所以到医院检查.才发现怀孕了.
这家医院是家比较好规模大的医院.医院医生给出的诊断是:怀孕了.并根据胚芽大小判断出怀孕有40多天了.
疑问:1.怀疑医生的诊断是不是错误的?错误的把怀孕20多天说成40多天了?是最后一次性交怀孕的吗?
2.两次都戴避孕套了.怎么还会怀孕呢?而且前一次性交之后出现两次间隔很短的月经.
3.这些是不是有什么危险的信号.因为我近期身体感觉酸痛.