流行性乙型脑炎需与中毒型菌痢、化脓性脑膜炎、结核性脑膜炎、其他病毒性脑炎、脑型疟疾等鉴别。
1. 中毒型菌痢：起病急骤，发展迅速，于发病24小时内出现高热、惊厥、昏迷，甚至呼吸、循环衰竭。但肠道症状常在数小时后出现，故早期易与乙脑混淆。肛拭或生理盐水灌肠取粪便镜检，发现大量脓细胞或红细胞可确诊。
2. 化脓性脑膜炎：多在冬春季发病，高热、头痛、呕吐、惊厥等症状明显，脑脊液检查外观混浊，白细胞计数显著增多，以中性粒细胞为主，糖含量降低，蛋白质含量增高，涂片或培养可找到病原菌。
3. 结核性脑膜炎：起病缓慢，病程较长，有低热、盗汗、乏力、消瘦等结核中毒症状，脑脊液检查外观呈毛玻璃样，白细胞计数多在50～500×10⁶/L，以淋巴细胞为主，糖和氯化物含量降低，蛋白质含量增高，薄膜涂片或培养可找到结核杆菌。
4. 其他病毒性脑炎：如肠道病毒、单纯疱疹病毒等引起的脑炎，临床表现与乙脑相似，但确诊需依靠血清学检查和病毒分离。
5. 脑型疟疾：有在疟疾流行区居住或旅行史，间歇性发作的寒战、高热、大汗，贫血及脾肿大等表现，血涂片找到疟原虫可确诊。
日常生活中要做好防蚊灭蚊工作，如安装纱窗、使用蚊帐等。按时接种乙脑疫苗，增强机体免疫力。若出现疑似乙脑症状，应及时就医，积极配合医生检查诊断与治疗，严格遵医嘱用药及进行相关护理，争取早日康复。
