流行性乙型脑炎的联合治疗通常采用一般治疗、对症治疗、抗病毒治疗、中医中药治疗、康复治疗等。
1. 一般治疗：流行性乙型脑炎患者需隔离于有防蚊和降温设施的病房，保持病室安静、空气流通。密切观察体温、呼吸、脉搏、血压等生命体征及神志、瞳孔变化。给予营养丰富、易消化的流质或半流质饮食，不能进食者可鼻饲，以保证营养供给，维持水、电解质平衡，有助于患者在患病期间维持身体基本机能，为后续治疗提供良好基础，利于身体恢复。
2. 对症治疗：针对高热，可采用物理降温如冰敷、酒精擦浴等，配合药物降温，遵医嘱使用对乙酰氨基酚片、布洛芬混悬液、阿司匹林肠溶片，将体温控制在合适范围，因为高热会加重脑组织损伤。对于惊厥或抽搐，要去除病因，如因脑水肿引起，遵医嘱使用甘露醇注射液、甘油果糖注射液、呋塞米注射液脱水降颅压，保持气道通畅，防止窒息，避免惊厥对大脑造成进一步损害。呼吸衰竭者，必要时使用呼吸兴奋剂，改善呼吸功能。
3. 抗病毒治疗：在疾病早期可进行抗病毒治疗，遵医嘱使用利巴韦林注射液、阿昔洛韦片、更昔洛韦胶囊，这些药物能抑制病毒复制，减轻病毒对脑组织的侵袭，从而缓解病情，缩短病程，减少并发症的发生，提高患者的治愈率。
4. 中医中药治疗：根据患者的症状、体征等进行辨证论治。如在急性期，常见卫气同病证，可采用清热解毒、辛凉透表的方剂，如白虎汤合银翘散加减；气营两燔证，治以清气凉营、泻火解毒，如清瘟败毒饮加减。中药通过整体调理机体的阴阳平衡、气血运行，增强机体的抵抗力，减轻炎症反应，辅助治疗流行性乙型脑炎。
5. 康复治疗：对于病情恢复期有肢体运动障碍、语言障碍、智力障碍等后遗症的患者，应尽早进行康复治疗。包括物理治疗如按摩、针灸、理疗等，促进肢体血液循环，改善肌肉张力；语言训练，帮助患者恢复语言功能；认知训练，提高患者的智力水平和认知能力，尽可能减轻后遗症对患者生活质量的影响。
流行性乙型脑炎患者在治疗后，日常生活中要注意休息，保证充足睡眠，利于身体恢复。饮食上逐渐增加营养摄入，多吃富含蛋白质、维生素的食物。避免前往蚊虫多的地方，做好防蚊措施，防止再次感染。按医嘱定期复查，以便及时了解身体恢复情况，若出现异常及时就医。
