手足口和咽峡炎在病因、症状表现、发病部位、传播途径、治疗方法等方面上存在不同。
1. 病因：手足口病主要由肠道病毒引起，如柯萨奇病毒A16型、肠道病毒71型等；而疱疹性咽峡炎通常由柯萨奇病毒A组引起。
2. 症状表现：手足口病除了口腔有疱疹或溃疡外，手、足、臀部等部位也会出现斑丘疹或疱疹，部分患者可能伴有发热、咳嗽、流涕等症状；疱疹性咽峡炎主要症状为发热、咽痛，口腔可见散在灰白色疱疹，直径1～2mm ，周围绕以红晕，多见于扁桃体前柱，但也可位于软腭、扁桃体及悬雍垂上，但不见于齿龈及颊黏膜。
3. 发病部位：手足口病发病部位集中在口腔、手、足、臀部等；疱疹性咽峡炎主要发病部位在口腔咽峡部。
4. 传播途径：手足口病传播途径多样，包括密切接触患者的粪便、疱疹液、呼吸道分泌物及被污染的手、毛巾、玩具等；疱疹性咽峡炎主要通过粪口途径和呼吸道飞沫传播。
5. 治疗方法：两者均无特效抗病毒治疗药，主要为对症治疗。手足口病根据病情给予退热、止惊等处理；疱疹性咽峡炎针对发热给予退热治疗，疼痛明显者可适当应用缓解疼痛药物。
日常要注意个人卫生，勤洗手，保持居住环境清洁、通风良好。尽量避免前往人员密集、空气不流通的场所。若感染，应及时就医并遵医嘱治疗护理，促进身体恢复 。
