基孔肯雅热病毒变异通常会增加治疗难度。
基孔肯雅热病毒变异后，其生物学特性会发生改变。病毒的抗原性可能出现变化，原本针对特定抗原的治疗手段，比如某些药物和疫苗，效果会大打折扣。因为药物和疫苗的作用机制是基于对病毒特定结构和抗原的识别，当病毒变异，这些结构改变，药物和疫苗就难以精准发挥作用，无法有效抑制或消灭病毒。
病毒变异还可能导致传播能力和致病性的改变。传播能力变强意味着感染人数可能增多，医疗资源面临更大压力，增加了治疗的复杂性。而致病性增强，患者的症状可能更严重，出现更多并发症，这对治疗方案的制定提出了更高要求，需要综合考虑更多因素，加大了治疗的难度。
面对基孔肯雅热病毒变异带来的治疗挑战，在日常生活中，要做好个人防护。尽量避免前往病毒流行地区，若必须前往，要采取防蚊措施，如穿长袖长裤、使用驱蚊剂等。日常居住环境要注意清洁卫生，定期清理积水，减少蚊虫滋生。一旦出现发热、关节疼痛等疑似症状，应及时就医并告知医生相关接触史，严格按照医生的诊断和治疗方案进行治疗。
