蜜丸与水丸在原料、制作工艺、外观质地、保存方式、服用剂量等方面存在不同。
1. 原料：蜜丸以蜂蜜为黏合剂，加入药物细粉制成；水丸则是以水或水性液体为黏合剂，与药物细粉混合而成。
2. 制作工艺：蜜丸制作需先炼制蜂蜜，去除杂质和水分，再与药物细粉充分混合，经揉捻、制丸等工序；水丸通过将药物细粉与水或水性液体泛制成丸，工艺相对简单。
3. 外观质地：蜜丸质地柔软滋润，表面光滑，有光泽；水丸质地相对坚硬，表面较为粗糙，呈圆整的颗粒状。
4. 保存方式：蜜丸因含蜂蜜，易吸潮、发霉、虫蛀，需密封保存于干燥、阴凉处；水丸含水量低，相对易保存，注意防潮即可。
5. 服用剂量：蜜丸体积较大，重量相对固定，服用剂量通常按丸数计算；水丸体积小，重量差异不大，服用剂量多按重量计算。
日常使用蜜丸或水丸时，都要严格按照说明书或遵医嘱服用。存放时注意环境干燥、清洁，避免药物变质影响药效。若服用过程中出现不适，应立即停止用药并咨询专业人士。
