手足口病与咽峡炎在病因、症状表现、发病部位、传播途径、治疗方式上存在不同。
1. 病因：手足口病主要由肠道病毒引起，如柯萨奇病毒A16型、肠道病毒71型等；咽峡炎通常由柯萨奇病毒A组引起，也可能由其他肠道病毒导致。
2. 症状表现：手足口病患者除口腔疱疹或溃疡外，手、足、臀部等部位会出现斑丘疹或疱疹，部分患者可能伴有发热、咳嗽、流涕等症状；咽峡炎主要症状为发热、咽痛，口腔可见散在灰白色疱疹，直径1～2mm ，周围绕以红晕，多见于扁桃体前柱，但也可位于软腭、扁桃体及悬雍垂上，但不见于齿龈及颊黏膜。
3. 发病部位：手足口病发病部位集中在口腔、手、足、臀部等；咽峡炎主要发病部位在口腔咽峡部。
4. 传播途径：手足口病传播途径多样，包括密切接触患者的粪便、疱疹液、呼吸道分泌物及被污染的手、毛巾、玩具等；咽峡炎主要通过粪-口途径、呼吸道飞沫传播，也可经接触患者口鼻分泌物、污染的手和物品等传播。
5. 治疗方式：手足口病一般采取对症治疗，如发热时给予退热药物，出现神经系统、呼吸系统等严重并发症时需住院治疗；咽峡炎同样以对症治疗为主，发热时退热，口腔疼痛可使用促进黏膜修复药物，若合并细菌感染可使用抗生素。
日常要注意个人卫生，勤洗手，保持居住环境清洁、通风良好。尽量避免前往人员密集、空气不流通场所。若感染疾病，应及时就医并遵医嘱治疗护理，防止病情加重及传播给他人。
