真菌性肺炎通常继发于婴幼儿肺炎、上呼吸道感染、高血糖以及血液感染疾病，长期应用抗生素以及激素也是导致本病的主要原因，这是由于抗菌素会抑制体内细菌，促使念珠菌失去细菌的制约，从而诱发疾病。本病属于真菌感染性疾病，通常不能自愈，若想痊愈，还需要采用以下几种方法治疗。
1、一般治疗：真菌性肺炎发生后，应当立即停止使用相关抗生素、肾上腺皮质类激素以及免疫抑制剂等药物，避免病情加重。同时，要加强饮食营养，多吃一些富含维生素的果蔬，必要的时候可以输血，提高机体免疫力。
2、二性霉素B治疗：这种药物对于念珠菌有很大的抑制作用，是目前治疗本病的主要药物。但是该药的副作用比较大，患者采用静脉滴注后不久，就会出现高热、恶心、寒颤、呕吐等不良反应，长期应用此药物会对肝脏、肾脏和心肌造成损伤。
3、大蒜素：大蒜素具有很好的抗菌、消炎作用，如果是小儿患者，每日用量不要超过40毫克，每日一次。该种药物副作用比较少、可以根据病情长期间断服用。
4、球红霉素治疗：球红霉素的抗菌作用也比较好，对于念珠菌很好的抑制效果，但是和二性霉素B相比，抗菌作用较弱，毒性也比较小。
真菌性肺炎通过以上几种方法治疗，效果很好，大多数患者都可以痊愈。由于本病对人体危害较大，日常要注意预防，日常要严格掌握广谱抗生素、皮脂类固醇和免疫抑制药物的使用指征、使用时间和用量。如果患者得了某些疾病需要输液、静脉插管和气管插管，都应当严格在无菌条件下进行。