女性身体的前尿道柱状细胞结构单一。非常容易受到感染，淋病奈瑟菌很容易通过前尿道柱状细胞间隙进入到尿道黏膜下层，最后引起淋病。此外，女性后尿道以及膀胱三角区的上皮细胞结构功能相对简单，不可自由伸缩，一旦与病菌接触不能够自行清除，最后导致淋病发生。
淋病双球菌进入女性尿道之后，其菌体表面的菌毛会产生分解酶，可使得病菌与女性患者尿道上皮粘合，从而使得病菌牢牢沾附在尿道上皮，并且同时，淋病球菌的表面蛋白会向尿道上皮细胞膜转移，还会不断吞食尿道上皮细胞，最后进入到细胞黏膜下层，产生大量内毒素脂多糖以及补体，从而造成炎症。
女性被淋病双球菌感染36个小时之后开始出现很严重的尿道粘膜红肿症状，且有脓性液体不断流出，白细胞不断聚集于尿道黏膜以及淋病双球菌菌丛的附近。淋病双球菌还可进入尿道腺体以及尿道隐窝，会不断深入黏膜深层，可导致尿道腺管堵塞，使得尿道分泌物无法排除，从而形成腺体以及隐窝脓肿。
淋病双球菌感染引起炎症反应之后患者尿道黏膜逐渐坏死，可引起脉管炎、腹股沟淋巴结炎症等。自身组织会对遭到损害的尿道黏膜不断修复再生，从而使得黏膜层逐渐增厚，质地变硬，最后能导致尿道出血。尿道腺体可逐渐纤维化，最后导致患者尿道狭窄。
具体来说，部分女性患者对性传播疾病缺乏了解，或者有卖淫吸毒等违法犯罪活动，亦或者性交时不使用避孕套，这些因素都可导致身体被淋病球菌感染，最后引起淋病。当然，淋病可传染，时常到公共浴室或者公共露天泳池有用的女性容易患病。此外，女性妊娠期间被淋病球菌感染，可导致新生儿感染淋病球菌。
