扁平疣去根需要采取综合治疗，包括物理治疗、手术治疗和药物治疗，扁平疣是病毒感染引起的一种常见皮肤病，具有一定传染性，既可以自身传染播散，也可通过接触传染给他人。治疗扁平疣的药物主要有5-氟尿嘧啶软膏，3%酞丁胺霜、咪喹莫特外用制剂、干扰素凝胶、0.05%～0.1%维A酸软膏、阿达帕林霜，还可以采取中药内服外敷联合制剂治疗。
1.5-氟尿嘧啶软膏：性状为乳剂型苓质的白色软膏，是一种细胞周期特异性药物，可以对增殖性的细胞起到抑制和杀伤的作用，扁平疣的增殖能力比较强，通常是呈片状，可以用此药来治疗；
2.3%酞丁胺霜：酞丁胺软膏的主要成分就是酞丁胺，这种药物主要具有抗病毒的作用，主要是针对于疱疹病毒和人类乳头瘤病毒，具有一定的抵抗真菌的繁殖和生长的作用，对扁平疣也具有一定的治疗作用;
3.咪喹莫特外用制剂：功效主要是进行免疫调节功能，有抗病毒的作用，该药可诱导免疫细胞产生肿瘤坏死因子α，后者可以激活免疫细胞的免疫应答机制，进而达到抗病毒的作用；
4.干扰素凝胶：主要成分是干扰素，干扰素具有广谱的抗病毒的作用，通过抑制病毒的复制，从而起到抗病毒的功效，还可以抑制细胞增殖以及调节免疫功能；
5.0.05%～0.1%维A酸软膏：该药有非常重要的药理活性，可以诱导表皮的增生，也可以通过调节表皮生长因子的丝裂原作用，从而起到促进表皮细胞增生的作用。维A酸乳膏可以用于治疗扁平疣，它的治疗机理在于对角质形成细胞的局部破坏然后其具有再生作用，可以清除表面在其细胞层受HPV病毒感染的细胞；
6.阿达帕林霜：属于维甲酸类药物，能够促进角质溶解，抑制痤疮丙酸杆菌繁殖。也可以治疗扁平疣，因为扁平疣通常是由于HPV病毒感染引起的，阿达帕林凝胶对于局部皮肤免疫有调节作用；
7.中药内服外敷：中药治疗扁平疣宜采用清热利湿、解毒散结、活血化瘀的方法。中药外擦可疏通经络，改善局部血液循环，有利于药物的渗透吸收，其本身同时也具有不同程度的抑菌杀菌作用的。
