结膜炎发病后积极使用抗生素软膏或者是滴眼液进行治疗，通常症状会在一个星期左右逐渐消失。如果病情很严重，还需要口服抗生素治疗，或者是打抗生素针，一般需要6个星期左右病情才会康复。当然，有一些结膜炎症状非常轻微，有时候根本没有用药而在一周左右自行康复。治疗结膜炎可选用生理盐水或者是硼酸水，亦或者是抗生素溶液来对结膜囊进行冲洗。
患者在用磺胺类或者是抗生素眼膏治疗结膜炎的时候。一般每天用药4到6次左右，连续用药一周左右症状可缓解。治疗也可使用浓度1%的硝酸银在睑结膜做涂抹，每天有，每天使用一次，大约一周左右症状也可缓解。如果炎症较重，并且分泌物很多，局部用药治疗效果不理想，需要全身使用磺胺药，或者抗生素。如果是流行性出血性结膜炎，则可使用浓度1%到5%的盐酸吗啉胍溶液进行治疗。
另外需注意，有一些严重的结膜炎患者会伴随全身症状，此时治疗应考虑传染科会诊来制定具体治病方案，千万不可以胡乱地使用抗生素。如果是流行性结膜角膜炎，可使用浓度1/4000的高锰酸钾溶液做眼部清洗，每天清洗数次，也可使用浓度0.1%的疱疹净做治疗。如果是属于结膜炎伴随慢性内囊炎，而且没有找到具体发病原因，可用浓度0.5%的硫酸锌滴眼治疗。
如果是因为过敏引发的结膜炎，则需要避免再次接触过敏原。有的患者长期使用眼药水，最后引发结膜炎，那么应该立即停止使用这种眼药水，平时所选用的眼药水不能含有防腐剂成分。其实结膜炎非常常见，不是什么很大的毛病，患者发病后也不要过分惊慌，只要积极用药治疗，绝大部分患者症状会在一周左右消失，在6个星期左右病情就彻底康复。
