用于妇科滴虫性阴道炎及细菌性阴道炎的治疗。甲硝唑常用于妇科滴虫性阴道炎及细菌性阴道炎的治疗，另外还用于治疗肠道阿米巴病及口腔科牙龈炎等，目前主要用于厌氧菌感染的治疗，其常规用药是每次400毫克口服，每日两次共7日；另外对于滴虫性阴道炎，可选择甲硝唑2克，单次口服或甲硝唑400毫克，每日两次，连服7日，并且同时积极治疗性伴侣。
细菌性阴道炎者首选甲硝唑400毫克口服，每日两次共7日，另外也可选择甲硝唑制剂，200毫克每日一次阴道填塞，连用7日；哺乳期以选择局部阴道用药为宜，服用甲硝唑者，服药后12~24小时内避免哺乳，甲硝唑对胃肠道刺激较重，建议饭后半小时内口服并且服药期间禁止饮酒。
