卵巢囊肿的危害主要取决于它的性质。
如果是生理性的它会自然消失，而且生理性的囊肿通常也比较小，对身体没有什么危害。
如果是病理性的不会自然消失，而且会逐渐长大。病理性的卵巢囊肿包括良性和恶性。如果是恶性的话，对身体健康影响是非常大的。如果是良性的卵巢囊肿，虽然不会消失，但是随着时间的延长，可能会逐渐增大。囊肿大到一定程度，比如说超过5公分，可能会出现囊肿破裂或扭转，增加急腹症的风险。有些具有内分泌功能的囊肿，比如说颗粒细胞瘤或者卵泡膜细胞瘤，它可以分泌雌激素或雄激素，会引起女性内分泌紊乱，导致月经失调，甚至出现男性化表现。所以当发现卵巢囊肿以后，首先要明确性质，要定期做B超复查，并且要查肿瘤标志物，必要的时候查性激素水平。病理性的囊肿还是建议做手术的。
