多发性卵巢囊肿可以通过一般治疗、药物治疗和手术治疗。
1、 一般治疗
可以经常体育锻炼，并减少高脂肪、高糖食品的摄入，来减轻体重，促进雄激素水平的下降，有利于减轻多发性卵巢囊肿。
2、药物治疗
症状轻微的多发性卵巢囊肿患者，可以先使用药物治疗。如果是炎症引起的，可选用克拉霉素缓释片、头孢克肟分散片等药物。如果囊肿变小，证明药物是有效的，可以继续使用。如果是雄激素分泌过多引起的，可以使用屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片等药物促进卵巢排卵，一般3-6个月后，激素水平检测正常后可以停药。
3、手术治疗
一旦发现患有多发性卵巢囊肿，应立即去医院，测定肿瘤标志物，并需结合彩超、妇科盆腔CT等检查，来明确卵巢囊肿的性质，判断多发性卵巢囊肿是否具有手术指征，比如囊肿较大，局部有明显压迫症状或卵巢囊肿扭转，需及时手术治疗。可在腹腔镜下行卵巢囊肿的剥除或切除术，也可取剖腹探查术，具体情况需结合临床确定。
在症状得到控制后，一般可以恢复排卵，从而妊娠，但也有一些患者会复发，需要定期到医院检查。建议性生活要有所节制，过度的性生活还会导致肾气亏损，平时应避免熬夜或通宵，以免引起内分泌紊乱，尽量少吃辛辣刺激的食物，也要有良好的心态。
