克罗恩病的病理特点是肉芽肿性炎症病变，合并纤维化与溃疡，贯穿肠壁各层的增殖性炎性病变，并侵犯肠系膜和局部淋巴结，粘膜面典型病变有以下几种：
1，溃疡，早期为浅小溃疡，后成纵形的溃疡，深入肠壁的纵行溃疡形成较为典型的裂沟，沿肠系膜侧分布。
2，卵石状结节，由于粘膜下层水肿和细胞浸润形成的小岛突起，加上溃疡愈合后纤维化和瘢痕的收缩，使粘膜表面似卵石状。
3，肉芽肿，多见于粘膜下层。但肠壁各层以及肠系膜局部淋巴结，甚至肝脏、骨骼和肌肉均可出现。
4，瘘管和脓肿，肠壁的裂沟实质上是贯穿性溃疡，使肠管与肠管，肠管与脏器或组织之间发生粘连和脓肿，并形成内瘘管。
