细菌性食物中毒，潜伏期短，常在进食后数小时起病。金黄色葡萄球菌引起的食物中毒，潜伏期一般为1~5小时，沙门菌4~24小时，腊样芽孢杆菌1~2小时，副溶血弧菌6~12小时，变形杆菌5~18小时。
临床症状大致相似，以急性胃肠炎症状为主，起病急，有腹痛、呕吐、恶心、腹泻等，腹痛以上中腹部持续或阵发性绞痛多见，呕吐物多为进食之食物，常先吐后泻，腹泻轻重不一，每天数次至数10次，多为黄色稀便，水样或粘液便。
葡萄球菌、腊样芽孢杆菌食物中毒呕吐较剧烈，呕吐物含胆汁，有时带血和粘液。侵袭性细菌引起的食物中毒，可有发热，腹部阵发性绞痛，里急后重和粘液脓血便。
鼠伤寒沙门菌食物中毒的粪便呈水样或糊状，有腥臭味，也可见脓血便。部分副溶血弧菌食物中毒病例粪便呈血水样。
变形杆菌还可发生颜面潮红，头痛，荨麻疹等过敏症状。病程短，多在1~3天恢复，极少数可达1~2周，腹泻严重者可导致脱水、酸中毒甚至休克。
