心内膜垫缺损治疗，一般是进行手术治疗。我们一般根据房室瓣周围房室间隔组织的发育程度，和房室瓣畸形的不同，将心内膜垫缺损分为部分型，过度型和完全型。
对于部分型心内膜垫缺损患儿一般在2~4岁之间手术，如果有明显的二尖瓣返流，或者是左侧心脏结构发育不良，例如主动脉狭窄，二尖瓣畸形，一般要提前手术。
完全型心内膜垫缺损患儿，在出生后的2~4个月，已经有了严重的充血性心力衰竭，应当在3~6个月间进行手术。
对于过度型的心内膜垫缺损的手术时间，一般是根据室缺大小而定，室缺越大，手术时间要越早。
心内膜垫缺损，合并法洛四联症和明显的右心室流出道狭窄的病人，现在是主张早期一次性手术纠治。
