首先是病因不同，细菌性痢疾是感染了痢疾杆菌或者是其他的致病菌后引起的。肠炎是自身免疫较弱感染导致的，还有遗传因素造成的。其次是症状不同，痢疾主要有腹痛腹泻，同时还有发热、里急后重，粪便中伴有脓血，痢疾的发病往往是突发的。肠炎绝大部分是隐匿很久才发病，但是发病过程比较长，主要表现有腹泻便秘，同时出现恶心、呕吐，大便为稀便或不成形。最后是治疗周期不同，由于痢疾发病比较急促，相对来说治疗周期比较短，肠炎发病较慢，相对的治疗周期比较长。细菌性痢疾跟肠炎的鉴别，一般情况下，肠炎会表现出痢疾样腹泻，再就是会表现油性大肠杆菌，空肠细菌等感染比较多见。
诊断的话主要就是有赖于粪便的培养，另外细菌性痢疾需要跟细菌性胃肠型的食物中毒相鉴别，由于进食细菌以及毒素污染的食物导致。
常见的细菌有变形杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌，会有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等急性胃肠炎表现。大便多为稀水便、脓血便，里急后重比较少见，确诊的话也是有赖于从病人的呕吐物、粪便中培养出同一致病菌而确诊。
而细菌性痢疾的诊断，主要就是表现出现，患者出现明显的胃肠道症状，对于慢性的，往往是表现为反复发作，两个月以上，会有消瘦，乏力，食欲减退，通过大便培养能够发现痢疾杆菌。
