根据小儿肠道感染的病原体不同，吃不同的药物。
如小儿轮状病毒感染引起的腹泻，无有效的特异性抗病毒药物，如小儿腹泻次数较多，可以适当吃蒙脱石散来减少腹泻次数，吸附肠道病毒。
对于由志贺菌属、大肠杆菌等细菌感染引起的肠道感染，可适当吃有效抗菌素，如阿莫西林克拉维酸钾、黄连素等。
如有肠痉挛引起的腹痛，可适当服用复方颠茄合剂等以缓解疼痛，必要时可静滴有效药物。
对于弯曲菌肠炎，可以服用红霉素治疗。
上述肠道感染引起的腹泻，可适当进食口服补液盐，必要时静脉补液，防治脱水及电解质紊乱。小儿肠道感染也可在辨证论治的基础上服用一些中成药治疗，如葛根芩连口服液、藿香正气口服液、肠炎宁片、香连片等
