结肠炎需要做肠镜检查，尤其是反复发作的结肠炎或持续时间比较长的结肠炎。
结肠炎是一大类疾病，包括慢性非特异性炎症性疾病如溃疡性结肠炎、克罗恩病，肠结核引起的慢性特异性感染，慢性细菌性痢疾、慢性阿米巴痢疾等肠道感染性疾病等。以上这些疾病有相似的临床症状，所以单纯根据病史、症状以及化验室检查，不能明确诊断。所以需要结合结肠镜检查，协助诊断，系统治疗。
另外一些表现为慢性腹泻的疾病也不一定是结肠炎导致的，比如大肠癌、结肠腺瘤、小肠淋巴瘤等，这些疾病只有通过结肠镜检查才能发现、确诊。
一些功能性腹泻性疾病也可表现为慢性腹泻，类似于结肠炎的表现，例如肠易激综合征、甲状腺功能亢进、肾上腺皮质功能减退等。只有完善了结肠镜检查，排除器质性疾病后，才能诊断功能性腹泻。
