任何手术都伴随相应的手术风险，漏斗胸的微创手术治疗风险很小，但也有风险，如：出血、感染、麻醉风险等。只是发生率比较低。
同时术后也有其手术可能的并发症，如：
1.术后疼痛：采取相应止痛措施，患者的术后疼痛在1个月左右会缓解；
2.钢板移位：发生率介于2%-27%。在一些情况下，钢板发生旋转移位(向后旋转90°或180°)，而在其他情况下钢板出现侧向移位。随着手术经验的累积和稳定器设计的一些技术改进，钢板发生移位的可能性已大大下降；
3.心脏并发症：手术时有发生心脏损伤可能，术后一般不会发生心脏并发症；
4.胸腔积液：术后胸腔积液的发生率约为3%，通常发生在术后约2周的时间；
5.气胸：统计显示有临床意义气胸的发生率介于1%-7%；
6.复发：术后漏斗胸复发的原因通常是钢板移位、钢板移除过早、钢板数量不足、钢板置入胸部的位置过于偏向外侧或者钢板的顺应性过大。研究者提出，应当直到患者至少18岁且钢板已放置至少2年时才移除钢板。
