宝宝不爱吃饭，时间长了会导致蛋白质能量营养不良。宝宝会出现活动较少，精神较差，体重生长速度不增甚至逐渐下降，逐渐消瘦，皮下脂肪厚度变薄。皮肤逐渐干燥，失去弹性。额部出现皱纹，肌肉松弛，甚至肌肉萎缩。骨骼生长减慢，身高也会低于正常。
宝宝不爱吃饭，还可能导致营养性贫血，以小细胞低色素贫血是最常见的。还可有多种维生素的缺乏，以维生素A缺乏常见，维生素D缺乏尚不明显，大部分的患儿还会有锌缺乏。
不爱吃饭还可导致免疫功能的下降，容易患各种的感染，加重营养不良，从而形成恶性循环。还可并发低血糖。如果诊治不及时，可危及生命。
