胃十二指肠镜不是胃镜，与胃镜直视不同，十二指肠镜是侧视镜，对检查者的要求比胃镜更高，难度也更大，可以清楚地观察到十二指肠乳头结构以及表面的黏膜情况，也可以取病理活检确定乳头部的病变性质。
可以通过十二指肠镜进行逆行胰胆管造影等等检查，可以排除胰腺的病变，以及胆道的病变，也可以通过十二指肠镜进行相关的一些治疗。缺点就是视野比较小，容易造成遗漏，一般来说，只是排除胰腺、胆道的问题，进行针对性的检查手段。
胃镜检查开始于食管开口，沿着食管进入到胃腔十二指肠乳头部为止，也就是说，胃镜检查能够发现绝大部分的胃、十二指肠的疾病。常见的上消化道疾病都可以通过胃镜检查，得以明确诊断。
