上呼吸道感染和过敏性鼻炎的致病因素不同，上呼吸道感染症状往往在接触感染病毒后出现。而过敏性鼻炎是接触到过敏原立即发作，比如每次打扫房间，灰尘一扬起就打喷嚏流鼻涕。
两者症状出现顺序不同，上呼吸道感染的症状通常是逐一出现，常以喉咙痛开始，接着打喷嚏，后来才流鼻涕，较少出现眼睛及喉咙发痒；而过敏性鼻炎的症状，通常为突发打喷嚏，流清鼻涕，鼻子痒，鼻塞等等，避免过敏原后症状即可缓解，且患者常有病史可循；
两者查体都可见鼻粘膜充血水肿，有分泌物。但过敏性鼻炎，鼻分泌物涂片可见嗜酸性粒细胞增多，皮肤针刺过敏试验可明确过敏原。
