大拇指指甲中间凹陷可能与外伤，甲沟炎、甲癣等原因有关，需要了解清楚，再进行治疗。
1.外伤：大拇指指甲受到外力撞击、挤压或重压时，例如被钳子夹住或者被重物砸伤，可能导致指甲内部组织损伤，表面的甲床也会出现相应变形和凹凸不平等症状，一般还伴有红肿、疼痛、淤血等不适。需要把坏死的大拇指指甲拔掉，再可通过组织修复能力使大拇指指甲再次长出来。
2.甲沟炎：甲沟炎是一种指甲周围的感染性炎症，常由细菌感染引起。长期的炎症感染会侵袭甲床，影响了指甲的生长及形态，可能导致指甲中间凹陷。症状较轻者可用外用抗生素药膏，例如可以在医生的指导下涂抹盐酸特比萘芬乳膏、莫匹罗星软膏等。症状较重时或脓肿形成时，需做手术拔除部分指甲或将脓肿切开引流。
3.甲癣：癣是一种常见的指甲真菌感染疾病，当指甲被真菌侵袭时，真菌会破坏指甲组织，导致指甲变薄、变形和凹陷。需要遵医嘱进行抗真菌感染治疗，例如使用复方酮康唑软膏、萘替芬酮康唑乳膏等，症状严重，必要时需拔甲治疗。
此外，还可能与甲营养不良、缺铁性贫血、银屑病等疾病引起，建议就医咨询专业医生，进行全面的身体检查和评估，确定具体的原因，并制定相应的治疗方案。
