衣原体肺炎，主要需要与气管炎，细菌性肺炎和病毒性肺炎进行鉴别。气管炎主要表现为气管的炎症，咳嗽，咳痰，但是胸片没有肺部的病变。衣原体肺炎主要表现为肺间质的改变，血象可以表现为白细胞总数和中性粒细胞增高不明显，这一点和病毒性肺炎非常相似，鉴别主要靠病原体进行区分。如果病毒的抗原检测是阳性，考虑是病毒性肺炎，还可以检测病毒的抗体，如果病毒抗体阳性也是病毒性肺炎。此外，还要与普通的细菌性肺炎进行区别，这一点可以从影像学也就是胸片或者CT来进行区分，还是比较有特点的，普通肺炎以肺实质的改变为主，而衣原体肺炎以肺间质的改变为主。
