肾盂肾炎的病因多种多样，比较常见的有机体免疫力低下、病原微生物感染、尿路梗阻、膀胱输尿管反流等。
1.机体免疫力低下
如果长期使用免疫抑制剂，存在严重的慢性疾病、艾滋病、糖尿病等，就容易感染细菌，出现肾盂肾炎的几率会比较高。
2.病原微生物感染
肾盂肾炎的主要病因是病原微生物感染，常见的致病菌有革兰阴性杆菌、细菌等，其中以大肠埃希菌最为常见。当身体防御能力下降时，会通过血行或上行等途径感染致病菌，从而导致肾盂肾炎发生。
3.尿路梗阻
妨碍尿液通畅流出的因素有很多，比如肿瘤、前列腺狭窄、前列腺增生、结石等，会导致尿液堆积，细菌不容易被冲洗清除干净，就容易引发肾盂肾炎。
4.膀胱输尿管反流
膀胱开口处及输尿管壁内段粘膜会形成防止尿液从膀胱输尿管反流的屏障，当这种功能发生异常或者结构出现异常时，会让尿液从膀胱中反流到肾盂中，细菌就会在局部堆积引发感染，从而让肾盂肾炎疾病出现。
此外，医源性损伤，如逆行性尿路造影、输尿管镜检查、膀胱镜检查、留置导尿管等，会导致尿路粘膜受损，如果将细菌带入到泌尿道中，就容易引发尿路感染，让肾盂肾炎的出现几率提高。不管是哪种原因造成的，都要及时检查判断病情的严重程度，再采用合适的药物治疗，比如喹诺酮类药物、半合成青霉素类药物、头孢菌素类药物等。
