慢性结肠炎手术一般预后良好，主要针对于保守治疗效果不佳或引起严重并发症的慢性结肠炎患者，多数的慢性结肠炎是不需要手术的，一般只是需要保守治疗就可以的，预后较好，大约有20%～30%的重症慢性结肠炎患者最终需进行手术治疗。
如果慢性结肠炎患者患病后长时间用药不佳或者是引起了一些严重的并发症，比如大出血、穿孔、中毒性巨结肠等，严重影响到了患者的生活质量，应当考虑进行手术治疗，比如剖腹探查术、腹腔镜手术等。
目前慢性结肠炎有四种手术可供选用。
1.结直肠全切除、回肠造口术：根据疾病性质、范围和患者情况，可做全结肠切除术，包括所有结肠、直肠和肛管，行永久性回肠造口术。根据患者情况，手术可一期完成，或分二期或三期手术完成;
2.结肠全切除、回直肠吻合术;
3.控制性回肠造口术;
4.结直肠全切除、回肠袋肛管吻合术：结直肠全切除回肠袋肛管吻合术不失为较为合理可供选用的方式。
