肠胃镜检查不一定要全麻，也可以选择局麻，主要根据病人的需要和具体情况而定，如精神病患者、幼儿需麻醉条件下进行。
胃镜和肠镜通常是分开检查的，胃镜检查是从口腔进入，通过咽喉和食道到达胃。肠镜检查是从肛门进入，经直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠至回盲部，最后进入回肠末端，主要观察大肠，这是检查胃肠疾病最重要的手段之一。检查创伤小，耗时短，除非特殊人群严格要求，否则一般不推荐全麻，全麻下肠胃镜检查需要术前评估，禁止对一些心肺功能较差的患者进行，可以在检查前口服局部麻醉剂。
多数患者现在对舒适度有很高的要求，如果患者清醒地进行肠胃镜检查，由于紧张和吞咽反射，会感到非常不舒服。还有部分患者在下胃镜时，会有严重的恶心和呕吐，此时可以在医生的评估下，通过使用全麻让患者短时间睡眠3到5分钟，不仅可以减轻患者的痛苦，还可以使医生更好地检查。
