扁桃体结石可采用药物、手术等方法处理。
1.药物治疗
结合扁桃体结石患者的病情，可采用含漱类药物来治疗，如患者合并出现咽喉部感染宜采用复方硼砂溶液、呋喃西林溶液以及复方氯己定含漱液等药物，能够改善咽喉疼痛、吞咽困难等不适的表现。当患者产生炎症感染症状时，可以在短期内使用抗生素，比如青霉素、头孢唑肟均能杀灭致病菌，还可以消除炎症反应，部分患者可产生过敏及胃肠道不适等不良反应。
2.手术治疗
扁桃体切除术适用于病情严重的扁桃体结石患者，则于结石大而深，而且扁桃体反复产生炎症，对此应当积极进行扁桃体切除术治疗，通过手术才能清除结石，从而提高该病的治愈率。
3.其它治疗
针对于浅表的扁桃体结石，可采用镊子夹取、刮除或者是冲洗等方法将结石剔除，但要注意动作轻柔，以免损伤到黏膜以及组织，还会引发感染出现。
