阿米巴肝脓肿可采用药物或是手术方法治疗。
1.药物治疗
如阿米巴肝脓肿患者的症状轻微，可采用硝基咪唑类药物治疗，比如甲硝唑、替硝唑均能起到满意的疗效，用药后毒性较小，所用的疗程较短。除了妊娠早期之外，对于儿童、孕妇及体弱者都可以使用。其治愈率可达到70%-100%。患者在用药期间忌酒，如遇到恶心、头昏等不良反应，一般在停用药物后可自行好转。
2.手术治疗
穿刺抽脓及引流可用于病情严重的阿米巴肝脓肿患者，一般在使用抗阿米巴药物的同时，展开穿刺抽脓处理。近些年来也有脓腔留置引流管的做法，其收效非常不错，但对于无继发细菌感染的患者，一般以不置管为好。当患者的体温正常时，其脓腔缩小到仅能抽出5-10ml脓液时，才可以考虑停止穿刺抽脓治疗。
