传染性软疣以疣体夹除术为主要治疗方法，其它方法还有药物、冷冻、电灼等，要根据个人的情况进行选择。在大多数情况下，传染性软疣是具有自限性的，皮损可逐渐消退，愈合后不会留下瘢痕。如果继发湿疹反应，则可能留下瘢痕，必须及时处理。
1.疣体夹除术
对皮肤进行常规消毒，取干净的镊子将软疣夹破，并彻底清除疣体内容物，最后涂抹碘酊进行消毒，避免细菌感染。如果疣体位置较深，也可采取外科切除术，但术后容易留下瘢痕。
2.药物
为了促进皮损消退，可局部涂抹水杨酸制剂，联合聚维酮碘溶液效果更好。如果是免疫功能不全的患者，也可以使用咪喹莫特霜剂。其它治疗药物还有西多福韦制剂、维A酸软膏、硝酸银软膏等。此外，患者也可口服西咪替丁，有免疫调节作用。
3.冷冻
将液氮喷在疣体的表面，每隔3~4周进行一次，能够使疣体逐渐脱落。这种方法适合年龄较小的患儿，以及疼痛承受能力较差的患者。
4.电灼
对患处进行消毒后，使用高频电阻治疗仪对疣体进行点刺烧灼，结束后用碘酒进行消毒处理。这种方法的效果比较明显，但是较为疼痛。
