儿童蛛网膜囊肿后遗症有感染、分流管依赖问题以及颅内出血等。
1.引发感染
儿童一旦出现蛛网膜囊肿的症状，可采用腹腔分流术来治疗，手术时主要通过囊肿腹腔分流管，从而达到治愈蛛网膜囊肿效果。如在术后不加强护理，极容易提高感染的机率。主要因为分流管是异物，对于抗生素治疗无效，为此引发了感染出现。
2.分流管依赖问题
儿童蛛网膜囊肿可引发分流管依赖问题出现，可以说这是非常严重的后遗症，需要不断地从囊肿中将水引流到腹腔，一旦分流管压力不平衡或是出现梗阻断裂的情况，儿童无法适应高颅压状态，从而产生分流管障碍，这属于灾难性的后果，如处理不当还会威胁到性命。
3.内镜造瘘造成风险
如蛛网膜囊肿儿童采用内镜造瘘出现，将会引发严重的风险出现，提高颅内出血的发生率。主要因为囊肿进行造瘘之后，其颅压明显变低，继而引发出血表现，导致宝宝的健康受损。
4.急性脑脓肿
针对于发病时间较长的蛛网膜囊肿儿童，在得不到有效治疗的情况下，其症状持续发展，有可能还会出现急性脑脓肿的情况，这是因为蛛网膜囊肿巨大，极容易形成张力性囊肿，在囊肿去除后颅内压可在短期时产生变化，甚至会产生蛛网膜粘连的可能。
