天花疫苗和卡介苗留下的疤痕区别有大小以及形状等方面。天花疫苗在接种后可以自动免疫天花，而卡介苗注射的目的是增强对结核菌的抵抗力。
1.大小：一般而言卡介苗在注射后产生的疤痕面积比天花疫苗小，这也是比较容易区分两者的一个关键因素。
2.形状：卡介苗一般中间部位平滑或者稍微向内凹陷，而表面大部分是光滑的，边缘比较明显，如果向疤痕中间轻轻按压，或者将疫苗注射处的皮肤撑开，可以观察到疤痕是呈现下凹状的，而天花疫苗需要医生连续多次使用分叉针蘸取疫苗的复原液刺破皮肤，在后期会产生花朵样的疤痕，和卡介苗产生的疤痕能比较明显的区分。
目前天花病毒已经被消灭，九十年代之后出生的新生儿不用注射天花疫苗，所以这时出生的新生儿接种疫苗产生的疤痕是由于卡介苗造成的，而如果是九十年代之前出生的新生儿，疫苗注射处产生的疤痕一般是由于天花疫苗造成的。
