肩胛骨疼痛在治疗时应先确定病因，如果是由外伤所致，可以先固定患肢、避免活动，经过休息后就能有所改善。不存在外伤史建议采取局部热敷、按摩等手段缓解疼痛，当然也可以口服非甾体类的消炎止痛药物。具体应以医生的建议为主。
一、固定和复位治疗
对于肩胛骨骨折所引起的肩胛骨疼痛，要将上肢吊带固定，并严格制动。脱位的患者需通过手法进行复位，只有将患肢至于理想的位置固定才能促进骨折愈合，当然若是移位非常明显、保守治疗效果不理想，还得依靠手术复位。
二、口服药物
半夜肩胛骨疼痛不排除是肩周炎引发，这种炎症性疾病目前并无特别有效的治疗方法，主要是口服非甾体类的消炎止痛药，例如双氯芬酸钠、塞来昔布等。万一疼痛特别严重，可使用局部封闭疗法消除疼痛。
三、物理疗法
肩胛骨疼痛的物理治疗方法包括热敷、冷敷、推拿、针灸，其作用在于促进血液循环、消除肿胀。其次，当病情稳定之后，患者要主动进行关节功能练习，多做主动和被动外展、旋转等动作。
