益生菌空腹吃不太好，建议最好餐后服用。
益生菌的作用是补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群。其适应症是肠道菌群失调引起的急慢性腹泻、便秘，以及消化不良、腹胀等病症。通常在餐后服用益生菌，可以减少对胃的刺激，有助于吸收。空腹吃益生菌容易刺激胃酸分泌、刺激胃肠道排空，不利于益生菌的消化和吸收。餐时服用处于胃酸浓度最高的时候，会降低益生菌活性。因此，建议餐后服用益生菌。
目前尚无益生菌的相关禁忌症，也未发现明显不良反应。但与制酸药、抗菌药合用时，会减弱益生菌的疗效，需要错开服用。铋剂、活性炭、酊剂、鞣酸等能抑制、吸附或杀灭益生菌中的活菌，也需要错开服用。
若是有腹泻、便秘等不适，需要服用益生菌，建议医院就诊，咨询专业医生意见后，遵医嘱使用。益生菌在低温更容易存活，需要冷藏保存，服用时宜用冷水或温开水送服。
