扁桃体结石清理可能会有轻微的疼痛感，但是疼痛并不是特别的严重，如果合并有感染的情况，疼痛会比较严重。
扁桃体结石一般可以使用棉签等器具将结石轻刮出来，也可以使用冲洗器对结石的部位进行冲洗，扁桃体结石通常是位于扁桃体隐窝处，可能会嵌在扁桃体软组织里面，在治疗的时候可能会导致扁桃体软组织受到轻微的刺激，所以会有疼痛，通常不会很严重，因此不用担心。
如果合并有扁桃体感染的情况，有可能会导致局部出现炎症反应，疼痛可能会相对比较明显，需要选择正规的口腔科医院进行治疗，缓解不适症状。
扁桃体结石通常是由不注意口腔卫生引起的，可能会导致扁桃体肿大疼痛，还会引起口臭，需要及时治疗。如果合并有感染的情况，可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊或者是头孢克肟片等抗炎药治疗。
