咽口水上面疼但不是嗓子可能是烫伤、擦伤、口腔溃疡等原因引起，可以通过使用药物的方式治疗。
1.烫伤：如果摄入了过烫的食物或者热水，可能就会导致上颚被烫伤，因此在咽口水的时候就会导致局部疼痛，可以在医生的指导下使用康复新液、重组人表皮生长因子凝胶、重组牛碱性成纤维细胞生长因子凝胶等药物治疗。
2.擦伤：在吃坚硬食物的时候，对于过度的摩擦可能会导致上颚黏膜破损，因此也会引起局部疼痛，这种情况一般不需要特殊治疗，可以通过调理饮食，保持口腔内清洁卫生，通常会逐渐的自行恢复。
3.口腔溃疡：可能是遗传、内分泌改变、口腔黏膜损伤等原因引起，会导致口腔内黏膜出现溃疡面产生疼痛，在受到冷热酸甜等刺激时疼痛会加重，可以遵医嘱使用冰硼散、口腔溃疡散、重组牛碱性成纤维细胞生长因子凝胶等药物治疗。
咽口水上面疼但不是嗓子除了是以上原因引起以外，还有可能是口腔疱疹等原因引起，也需要及时治疗。平时需要养成良好的生活习惯，避免摄入过烫、过硬的食物，少吃辛辣刺激性的食物，比如辣椒、生姜等，并且要注意饮食卫生。
