扁桃体隐窝易为细菌及病毒存留繁殖，最终发展成为病灶，因此需及时就诊治疗，通过一般治疗、药物治疗及手术治疗可达到不错的疗效。
1、一般治疗：扁桃体隐窝可采用抗生素漱口水、浓盐水或是双氧水进行含漱，也可以采用向后仰的深部漱口法来处理，可有效清除扁桃体隐窝内部的食物残渣及角化物，达到不错的效果。
2、药物治疗：如扁桃体隐窝产生感染的情况，应尽快使用抗生素药物治疗，比如阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星片等，用药后可达到杀菌及消炎的疗效。对于疼痛及发痒严重者可外用西瓜霜喷雾剂，从而达到止痛的效果。
3、手术治疗：针对炎症感染严重的患者，且采用一般及药物治疗无效时，可给予脓肿切开手术治疗。如有反复发作的隐窝性扁桃体炎，待炎症得到有效控制后可进行手术切除治疗。
扁桃体隐窝一旦发生需注意口腔内部的卫生，控制好日常饮食，辛辣及生冷性食物不宜进食，以免造成不良的刺激。
