新生儿做了两次CT一般情况下没有太大危害，但大剂量的CT还是会对新生儿造成不好的影响。
CT是一种常用的影像学检查手段，主要依据是利用X射线对人体进行断层扫描后，经电子计算机计算出每一个象素的衰减系数，再重建图像，对人体组织器官和病变部位，显示出相应的对应值，从而对相关疾病提供相应的帮助。而新生儿的血液循环较成人更加流畅，新陈代谢比较快，并且人体对辐射有一定的耐受性，所以新生儿做两次CT没有太大危害。
新生儿做两次CT也有可能会损伤人体的基因，导致病理性的损伤如发育迟缓、提高患脑瘤疾病的概率及抑制骨髓造血的能力，因此新生儿做CT检查一般要看是否符合做CT检查的病症，在使用CT检查治疗时，应在医生的指导下进行CT检查，此外，在扫描范围之外给新生儿盖上铅衣也能有效阻挡X射线。
日常生活中吃的食物，喝的水乃至人体本身都所含一定的放射性，其次国家对于辐射的标准也非常严格，保护新生儿少受伤，减少接触CT的机会，CT检查并不是唯一的方法，还需要与其他医疗器械进行相互配合，扬长避短，共同发挥作用。
