核酸检测多指新型冠状病毒核酸检测，两次新型冠状病毒核酸检测阴性但是发低烧，可能是假阴性、病毒感染、呼吸道感染等因素所致，处理时主要就是给予药物。
1.假阴性：若进行了两次新型冠状病毒核酸检测都是阴性，但出现了发低烧的表现，就很有可能是假阴性所致，通常是体内病毒含量较低引起的，可再进行一次新型冠状病毒核酸检测，确定病症后给予对症药，比如退烧药，布洛芬片、对乙酰氨基酚颗粒等。
2.病毒感染：新型冠状病毒核酸检测两次为阴性，若出现了发低烧症状可能是其他病毒感染造成的，此时除了低烧之外，还有可能伴有头晕、出虚汗、浑身乏力等，可根据医生的指导，使用金银花颗粒、板蓝根颗粒等药物处理。
3.呼吸道感染：呼吸道感染通过新型冠状病毒核酸检测是检查不出来的，所以结果会呈阴性，患病后会出现发低烧，同时还会有打喷嚏、鼻塞、流鼻涕、咳嗽、头痛等表现。可使用解热镇痛药、镇咳祛痰药以及抗感染药治疗，比如对乙酰氨基酚片、乙酰半胱氨酸片等。
除以上所说，两次新型冠状病毒核酸检测阴性但发低烧也有可能是泌尿系统感染，这种情况可以给予盐酸左氧氟沙星片、头孢地尼胶囊处理。
