侧柏可以治疗出血、咳嗽等疾病。《本草纲目》中记载：柏有数种，入药惟取叶扁而侧生者。故又名扁柏。侧柏以枝、叶入药，即侧柏叶，有凉血止血，化痰止咳的功效。但久服、多服，易导致胃脘不适或食欲减退，故需在医师指导下使用。
侧柏可以治疗血热出血的疾病。侧柏叶，性味苦、涩、寒，可止血，众多医书中都有记载，它可以治疗人体上部的衄血、咳血、吐血和人体下部的尿血、便血、崩漏不止。侧柏止血的主要有效成分为皮苷和鞣质。止血多用侧柏炭。
侧柏可以治疗肺热咳嗽，咯痰黄稠的疾病。侧柏叶入肺经，《医林纂要》描述此药可泄肺逆，故对肺系疾患，如咳嗽、咳痰有良好的治疗效果。现代药理研究的相关论文也认为侧柏叶有镇咳、祛痰、平喘的作用。化痰止咳宜用生侧柏。
此外，侧柏还可以治疗脱发、须发早白的疾病。侧柏有生发、乌发之功效，相关方剂被《孙真人食忌》等古医书中所收录。
