侧柏叶的副作用有胃脘不适、过敏、中毒等，禁忌久服、多服、铜或铁器煎药等。
侧柏叶属于中药材中的止血药，药性苦、涩、寒，虽具有凉血止血、化痰止咳的功效，但是同时会对胃黏膜造成刺激，用药后可能会引起胃脘不适的副作用，出现胃部疼痛、食欲不振、恶心等。每个患者的身体体质不同，有部分患者用药后可能会引起过敏的副作用，出现皮肤瘙痒、喉头水肿等过敏反应。此外，如果长期大量服用侧柏叶，药物的毒素堆积在体内，可能会出现药物中毒的副作用，可能会出现肝肾功能损伤、呼吸困难等。
侧柏叶具有禁忌，需在医生的指导下规范用药，禁忌久服或者多服，否则容易引起不良反应或副作用的发生。侧柏叶煎药时忌用铁或铜器，否则会与药物产生化学反应，从而降低药物质量与疗效，有可能还会产生毒副作用。
在服药期间要禁食生冷和寒凉的食物，避免饮酒，否则可能会引起腹泻等。
