正常情况下，机体有菌的部位有外耳道、口腔、肠道等。具体正常菌群分述如下：
1.外耳道：外耳道的正常菌群包括表皮葡萄球菌、类白喉棒状杆菌、铜绿假单胞菌等，正常情况下，这些细菌处于平衡状态，但当人体调节能力下降或者外源性细菌侵袭则可以导致外耳道炎、外耳道疖等疾病，建议在医生指导下选择敏感药物或经验性治疗。
2.口腔：口腔内的正常菌群有葡萄球菌、甲型链球菌、乳杆菌等，口腔中有很多的食物残渣，并且，唾液是弱碱性，所以容易滋生细菌，但是一般情况下口腔内菌群处于平衡状态，不会引起人体疾病，但是当一些操作导致细菌侵袭则会引起疾病，比如拔牙会导致细菌从伤口进入血液。
3.肠道：肠道的正常菌群有大肠埃希菌、产气杆菌、变形杆菌等，正常情况下也处于平衡状态，如果肠道菌群紊乱则可以导致很多肠道已经肠道外的疾病，比如结直肠癌、糖尿病等。
除了以上部位之外，还有泌尿道、鼻咽腔、皮肤，以及女性的阴道等。如果菌群失调出现临床症状请及时就医。
